В 1996 окончил режиссерский факультет Санкт-Петербургской академии театрального искусства, курс И.Б. Малочевской. Дипломная работа "В ожидании Годо" С. Беккета, выпущенная в Театре на Крюковом канале (1996), получила сразу две премии на фестивале "Золотая маска" и была отмечена высшим призом за режиссуру на петербургском фестивале "Рождественский парад". С 1996 года работал режиссером в театре Ленсовета (Открытый театр). Театр Ленсовета стал творческой площадкой режиссера, в которой ему удалось создать свой исключительный мир, но Бутусов нашел свой "второй дом" и в Москве - театр "Сатирикон". Преподавал в Санкт-Петербургской Академии театрального искусства, преподает в ГИТИСе. Ставил спектакли в Польше, Южной Корее, Норвегии, Болгарии. В 2011 году в должности главного режиссера Юрий Бутусов возглавил Театр имени Ленсовета , а с 2017 по 2018 год был его художественным руководителем. В сентябре 2018 года приглашен на должность главного режиссера Театра им. Евгения Вахтангова.
